О спешном выводе германских войск с материковой части территории Эстонии стало известно 17 сентября 1944 года. На эвакуацию через порты Таллинна и Палдиски германских учреждений и персонала, действовавших в Таллинне и Северо-Западной Эстонии, было дано пять дней. Военные соединения должны были отступить на юг в направлении Риги и на острова Западной Эстонии.
19 сентября 1944 года в пять часов утра, как обычно, все заключенные лагеря Клоога были выстроены на плацу перед женским жилым блоком. Начальник лагеря унтерштурмфюрер СС Верле сообщил примерно двум тысячам узников, что они подлежат эвакуации в Германию. В действительности, к тому времени суда были уже заполнены, а решение об уничтожении евреев принято. Кто конкретно принял такое решение, остается неизвестным.
Через пару часов были отобраны 300 физически более сильных заключенных-мужчин, которые должны были начать, якобы, подготовку к эвакуации. Их заставили носить поленья из лагеря на опушку леса, располагавшуюся примерно в километре от лагеря, где для сжигания трупов были подготовлены четыре костра, каждый размером 6×6,5 метра.
Для успокоения заключенных в течение дня соблюдался обычный дневной режим, в обед узникам, ждавшим на плацу, дали суп. За это время была усилена охрана лагеря: ворота были заблокированы грузовиками, и везде можно было видеть занимавшихся чем-то охранников. После обеда были вызваны шесть заключенных-мужчин посильнее. Им было приказано загрузить на грузовик две бочки с горючим, которым позже и были, очевидно, облиты трупы.
Казнь евреев началась около пяти часов вечера. Жертв отводили группами по 50–100 человек – сначала мужчин, потом женщин – из лагеря на опушку леса, где им приказывали ложится лицом вниз на подготовленную площадку костра. Узников казнили выстрелами в затылок, а те, кто пытался бежать, погибали от пуль в лесу. Тела плотно покрывали площадку костра, и на каждый слой трупов накладывали поленья, которые образовывали новую основу для размещения тел. Таким образом трупы складывали в три-четыре слоя. Из подготовленных площадок костров было использовано три, четвертая площадка осталась незаконченной. С наступлением темноты площадки костров были подожжены.
Меньшее количество заключенных было казнено в недостроенном деревянном здании всего в паре сотен метров от центра концлагеря. К зданию подводили сразу по 30–50 человек, которых по одному затаскивали в здание, заставляли лечь на пол и умерщвляли выстрелом в затылок. Поздно вечером здание было сожжено дотла вместе с трупами.
Последним на территории лагеря, на нижнем этаже женского жилого блока, был казнен состоявший из заключенных вспомогательный персонал: парикмахеры, повара, сапожники и т. д. – всего 79 человек. По некоторым данным, среди них были также эстонские или русские узники. Нескольким десяткам заключенных удалось спрятаться на территории лагеря – в основном на чердаке здания мужского блока – и таким образом спастись. По данным советской комиссии 1944 года, число выживших после массовой казни евреев составляло в общей сложности 108 человек.
Операцией по уничтожению евреев руководило немецкое руководство лагеря. Для проведения расстрелов из Таллинна прибыла специальная команда, состоявшая также из немцев. Во время расстрелов внешний периметр лагеря охраняла 3-я рота 287-го полицейского батальона, сформированная из эстонцев. В качестве чрезвычайной меры для усиления охраны лагеря были задействованы несколько десятков солдат учебно-запасного полка эстонских соединений Ваффен-СС, располагавшегося в непосредственной близости от лагеря.
