Поздним вечером 19 сентября 1944 года после того, как заключенные были казнены, а трупы подожжены, руководство лагеря Клоога покинуло его и эвакуировалось через порт Палдиски в Германию. Охрана лагеря была снята в ночь на 20 сентября, после чего охранная команда, состоявшая из эстонцев, покинула лагерь. Большинство евреев, сумевших избежать казни, скрывалось несколько дней в жилом блоке лагеря, не смея выходить на улицу в дневное время. Запах гари от сожженных трупов распространялся далеко, что привело первых свидетелей к месту события. Среди местных жителей и беженцев, уходивших от приближающегося фронта и спешивших добраться до западного побережья Эстонии, стала распространяться информация о массовой казни. Многих беженцев сопровождало это тяжкое воспоминание в их последующей жизни в эмиграции.
Первые красноармейцы прибыли в Клоога 22 сентября 1944 года. Для расследования происшедшего была сформирована чрезвычайная комиссия Эстонской ССР во главе с народным комиссаром юстиции Александром Йыэяром. Уже в конце сентября началось расследование массовой казни в Клоога. Доказательств по этому делу нашлось много. Часть тел на кострах остались несгоревшими. Второе место совершения убийств – недостроенный дом – сгорел до фундамента, где было найдено большое количество человеческих костей и других останков. Однако огонь выполнил свою безжалостную работу – точное число казненных установить не удалось. Чрезвычайной комиссии удалось во всех местах казни идентифицировать останки 491 человека. На основании результатов расследования было сделано предположение, что число казненных могло быть 1800-2000 человек.
Концентрационный лагерь Клоога был одним из первых мест в мире, где были задокументированы ужасы Холокоста. Советские власти пригласили на место избранных иностранных журналистов, при посредничестве которых фотографии из Клоога попали в страны Запада.
7 октября 1944 года в Клоога была проведена церемония похорон жертв массового убийства. Немецких военнопленных заставили вырыть на песчаном холме вблизи площадок костров две длинные и глубокие могилы, куда были свезены и уложены останки казненных. Место захоронения окружили каменной оградой, а в 1951 году там был установлен памятник (архитектор Антс Меллик).
Советская пресса в конце 1944 и начале 1945 годов, а также нередко и в последующие годы, подробно описывала ужасы, произошедшие в Клоога. По идеологическим соображениям с самого начала умалчивалось, что в этом лагере содержали евреев, а жертв называли гражданами СССР.
