Первые партии заключенных были доставлены в лагерь Клоога в период с сентября по ноябрь 1943 года. Число узников в лагере, предусмотренном примерно для 2000 заключенных, колебалось между 1800 и 2100. Одновременно с этим осуществлялось непрерывное перемещение заключенных между лагерями комплекса Вайвара. Всего через лагерь Клоога могли пройти около 3000 евреев, большинство из которых было доставлены из вильнюсского и каунасского гетто, а некоторая часть – из Латвии. Среди заключенных лагеря было больше женщин, чем мужчин.
В отличие от других лагерей комплекса Вайвара, заключенные лагеря Клоога размещались в каменных зданиях, где имелись отдельные помещения для мужчин и женщин, а также работал водопровод. На территории лагеря располагалась больница для узников, в которой работали заключенные-врачи. Это обеспечивало заключенным, особенно в зимний период, несколько более благоприятные условия по сравнению с другими лагерями, где узники содержались во временных бараках. Таким образом, среди обитателей других лагерей, работавших в сланцевых шахтах и промышленности, лагерь Клоога был известен как, так сказать, хороший лагерь.
На территории лагеря находились также лесопилка, бетонный завод и мастерские. Примерно в 200 метрах от мастерских располагался отдельный барак для военнопленных, окруженный колючей проволокой. Заключенные, находившиеся в подчинении организации Тодта, привлекались к работам на лесопилке и к изготовлению подводных сигнальных мин из бетона для военно-морского флота.
День узников начинался в пять часов утра с построения на плацу перед женским жилым блоком. Рабочий день начинался в шесть часов и продолжался до шести вечера с часовым перерывом на обед. Заключенные-евреи были поделены в колонны по 100 человек, для каждой из которых немцы выбирали бригадира.
Питание было плохим. На завтрак – кофе, на обед – литр крупяного супа; в день полагались 350 граммов хлеба и маргарина, один раз в неделю заключенным выдавали 25 граммов сахара или мармелада.
12-часовой рабочий день был для заключенных, страдавших от недоедания, непосильным. Частично узники работали вместе с наемными рабочими из эстонцев, что давало евреям возможность общаться с местными жителями. Благодаря этому известно, что местные жители нередко пытались, несмотря на трудности военного времени, в меру возможностей помогать евреям как продуктами питания, так и поисками контактов с родственниками или знакомыми узников, находившимися в других местах заключения.
