До Второй мировой войны в Эстонии проживало около 4400 евреев. По приказу руководства СССР в июне 1941 года из оккупированной Эстонии в Сибирь были депортированы около 10 000 граждан и жителей Эстонии, в том числе 400 евреев. После начала войны между Германией и Советским Союзом летом 1941 года из Эстонии в СССР отправились в эвакуацию примерно 3000 евреев. К концу того же года по распоряжению германских оккупационных властей было арестовано около 1000 евреев, оставшихся на родине. Аресты, последующие допросы и регистрацию евреев производили полицейские из числа эстонцев, служивших в подчинении полиции безопасности и СД Германии. К началу 1942 года по распоряжению полиции безопасности и СД все задержанные были тайно казнены. Лишь единицам удалось скрываться до конца войны. В донесении от 31 января 1942 года начальника полиции безопасности и СД в Рейхскомиссариате Остланд Вальтера Шталекера, ответственного за уничтожение евреев в Балтийских странах, Эстония была объявлена «юденфрай», то есть «свободной от евреев».
В сентябре 1942 года, а также в течение 1943 и 1944 годов из Германии и оккупированных стран в Эстонию были отправлени в общей сложности 12 500 евреев. После отступления немецких войск в живых из них осталось около 100 человек. На территории Эстонии погибли или были казнены 7000–8000 человек. Около 4600 узников были вывезены из Эстонии в другие лагеря, где большая часть из них погибла.
В 1942 году ответственность за депортированных в Эстонию несла полиция безопасности Германии. В сентябре на железнодорожную станцию Раазику прибыл один эшелон примерно с 1000 евреев из чешского гетто Терезин (Терезиенштадт), а вскоре приехал и другой состав с таким же количеством узников из германских городов Франкфурта-на-Майне и Берлина. 400–500 более молодых людей из числа прибывших заключенных были размещены в лагерях, находившихся в ведении полиции безопасности, в основном в лагере Ягала неподалеку от Таллинна. Остальные (около 1600 человек) были казнены уже в день прибытия на полигоне Калеви-Лийва рядом с железнодорожной станцией при участии полицейских и охранников лагеря из числа эстонцев.
Всего в Калеви-Лийва были казнены 1800–2000 человек, среди которых, помимо евреев, вероятно, были и десятки эстонских цыган. Лагерь Ягала был ликвидирован в 1943 году, а узники перераспределены по другим лагерям. Насколько известно, лишь 74 из них сумели пережить войну. В июне 1944 года в Таллинн были доставлены еще около 300 человек из французского транзитного лагеря Дранси (т. н. конвой номер 73), из которых 34 выживших узника были эвакуированы в сентябре того же года в концлагерь Штуттгоф, находившийся на территории современной Польши.
Начиная с августа 1943 некоторое количество евреев было отправлено в концлагерь Вайвара, где они были распределены между лагерями. Концлагерь Вайвара существовал до сентября 1944 года и являлся комплексом из почти двадцати лагерей, подчиненных Главному административно-хозяйственному управлению СС (SS Wirtschafts-Verwaltungshauptamt) в Берлине. Большинство из примерно 10 000 узников концлагеря Вайвара было задействовано на принудительных работах в сланцевой промышленности Восточной Эстонии. Основная часть упомянутых узников была отправлена в Эстонию в 1943 году из литовских и латвийских гетто. Небольшая часть была доставлена в 1944 году с территорий Венгрии. Примерно треть заключенных погибла в Эстонии из-за тяжелых условий жизни или была отправлена в другие лагеря по причине нетрудоспособности, где их казнили. Другая треть была эвакуирована в концлагерь Штуттгоф в августе 1944 года. Остальные пали жертвами массовых убийств при ликвидации лагерей. При отступлении немцев оставшихся 2000 узников концлагеря Вайвара свезли в Клоога, где лишь примерно сотне человек удалось избежать смерти в ходе массового убийства, совершенного 19 сентября 1944 года.
