Лагерь Клоога был одним из крупнейших лагерей в комплексе концентрационных лагерей Вайвара и существовал дольше других – с сентября 1943 года по 19 сентября 1944 года. В отличие от большинства других лагерей вышеназванной системы, лагерь Клоога никак не был связан со сланцевой промышленностью Восточной Эстонии. Заключенные лагеря были задействованы, прежде всего, на важных с военно-экономической точки зрения бетонных работах и лесоразработках.
Лагерь был основан в сентябре 1943 года в непосредственной близости от поселка Клоога. Уже в период советской оккупации 1940–1941 годов эта территория была превращена в закрытую милитаризованную зону, где в годы немецкой оккупации вела деятельность германская военно-хозяйственная организация Тодта. До прибытия заключенных-евреев здесь, наряду с рабочими из гражданских лиц, использовался труд советских военнопленных и заключенных-уголовников.
В начале 1944 года в непосредственной близости от лагеря Клоога был разбит лагерь учебно-запасного полка эстонских соединений Ваффен-СС. Зимой 1943/44 годов в Клоога были доставлены, помимо евреев, ингерманландцы и русские, эвакуированные из прифронтовых районов Ленинградской области. Они проживали отдельно в лагерях для военных беженцев, которые помимо Клоога находились в Пыллкюла, Лаокюла и Палдиски.
Лагерь Клоога был окружен оградой из колючей проволоки примерно четырехметровой высоты. Площадь лагерной зоны составляла приблизительно 1000×500 метров, а в ее центре размещались три двухэтажных каменных здания. Два из них были окружены колючей проволокой и в них размещались заключенные; в третьем здании располагались канцелярия и администрация лагеря.
Лагерь подчинялся штабу комендатуры концлагеря Вайвара, который возглавлял гауптштурмфюрер СС Ганс Аумайер, уже имевший опыт работы в концентрационном лагере Аушвиц. Персонал находившегося в подчинении лагеря Клоога составляли начальник в унтер-офицерском звании СС, два его заместителя и два-три служащих СС. Перед ликвидацией лагеря в 1944 году должность его начальника занимал унтерштурмфюрер СС Вильгельм Верле. Костяк охранной команды лагеря Клоога составляла 3-я рота 287-го полицейского батальона, сформированного из эстонцев.
В условиях наступления Красной армии на территории Эстонии в августе 1944 года более 3000 евреев, содержавшихся в лагерях комплекса концлагеря Вайвара в восточной части Эстонии, были эвакуированы в концлагерь Штуттгоф. Руководители концлагеря Вайвара, бежавшие из Эстонии на запад через порт Палдиски, собрались перед бегством в Клоога, где организовали массовое убийство последних заключенных.
