Klooga oli Vaivara võrgustiku laagritest üks suuremaid ja tegutses neist kõige kauem, septembrist 1943 kuni 19. septembrini 1944. Erinevalt enamikust ülejäänud laagritest ei olnud Klooga laagril mingit sidet Ida-Eesti põlevkivitööstusega – Klooga vange rakendati esmajoones sõjamajanduslikult olulises puidu- ja betoonitööstuses.
Laager rajati 1943. aasta septembris Klooga aleviku lähedusse. Piirkond oli juba eelnenud Nõukogude okupatsiooni ajal (1940–1941) muudetud suletud militaaralaks. Nüüd tegutses siin Saksa sõjamajanduslik organisatsioon „Todt“. Enne juudi kinnipeetavate saabumist ehitasid laagrit tsiviilisikutest tööliste kõrval ka Nõukogude sõjavangid ja kriminaalvangid.
1944. a. kevadtalvel paigutati Klooga laagri naabrusse eesti relva-SS-üksuste tagavara- ja väljaõpperügement. 1943. ja 1944. aasta talvel toodi Kloogale lisaks juutidele Leningradi oblastist rinde jalust evakueeritud ingerisoomlasi ja venelasi. Evakueeritud elasid eraldi sõjapõgenike laagrites, mis lisaks Kloogale olid ka teistes lähikonna asulates: Põllkülas, Laokülas ja Paldiskis.
Klooga vangilaagrit ümbritses ligi nelja meetri kõrgune okastraataed. Laagri suuruseks oli umbes 1000×500 meetrit ja selle keskel paiknes kolm kahekorruselist kivimaja. Kaks kivimaja olid ümbritsetud okastraadiga ning seal majutati vahialuseid, kolmandas asus laagri kantselei ja administratsioon.
Laager allus Vaivara koonduslaagri komandantuuri staabile, mida juhtis Auschwitzi koonduslaagri kogemusega SS-Hauptsturmführer Hans Aumeier. Klooga kui harulaagri personali kuulusid SS-nooremohvitserist komandant koos kahe asetäitja ja kahe-kolme SS-lasega. Laagri komandandiks oli 1944. aastal selle likvideerimise eel SS-Untersturmführer Wilhelm Werle. Klooga laagri valvemeeskonna põhiosa moodustas eestlastest formeeritud 287. politseipataljoni 3. kompanii.
Kui Punaarmee oli 1944. aasta augustis Eestit Saksa vägedelt vallutamas, evakueeriti rohkem kui 3000 Vaivara koonduslaagri idapoolsetes harulaagrites olnud juuti Stutthofi koonduslaagrisse. Läände põgenev Vaivara koonduslaagri juhtkond koondus enne Paldiski sadama kaudu Eestist lahkumist Kloogale, kus korraldas viimaste kinnipeetavate massimõrva.
